בתום הלימודים לתואר הראשון, יכולים בוגרי החוג להמשיך ללימודים מתקדמים לתואר מוסמך או דוקטורט באוניברסיטה העברית ובאוניברסיטאות מובילות אחרות. כמו כן, יכולים הבוגרים לעסוק במחקר במוסדות להשכלה גבוהה ובמכוני מחקר. בוגרי החוג למחשבת ישראל נחשבים לטובי החוקרים הצעירים בתחום והם מבוקשים על-ידי המרכזים הרבים בישראל שעוסקים בעיון, מחקר, לימוד והוראה של התחום.
במקביל ללימודים בחוג למחשבת ישראל ניתן ללמוד הוראה ולקבל תעודת הוראה המאפשרת ללמד בבתי ספר. מקצוע מחשבת ישראל הופך ליותר ויותר מקובל במסגרות ההוראה בבתי הספר התיכוניים והוא משמש כמצע חיוני ללימודי תרבות ישראל במשרד החינוך.